1、产权有所不同：
安居房相对于商品房而言，产权上有明显的区别，大部分的安居房其实并不是完全产权，可以理解为具有完全的房屋权，却不一定具有完全的土地使用权。很多安居房的土地性质是划拨土地，也就是没有缴纳出让金。而商品房是有完全产权的，也就是具有完全的房屋权和完全的土地使用权，土地性质是出让土地，也就是缴纳了土地出让金。所以，安居房在以后再次交易时，可能需要补缴土地出让金。
2、房屋质量不同：
商品房的质量一般都不会存在什么大的问题，但是由于安居房的建筑利润受到限制，所以建筑商人通常偷工减料，通过这些操作来增加自身的利润。因此，安居房的房屋质量一般相对较差一些。
3、交易受时间的限制：
安居房的交易受到的限制比较多，很多安居房在交易年限上都有很大的限制，安居房一般规定在5年或者10年内不得进行上市转售。商品房则没有这方面的规定，只要是买到的是已经办理过登记的现房，那么就可以上市交易，转手买卖了。但是商品房是期房的话，法律上是不允许转售的。